Bordetella bronchiseptica è un batterio responsabile di infezioni al tratto respiratorio superiore, con sviluppo di riniti e sinusiti. Si trasmette per via aerea anche fra specie diverse: cavie, gatti, cani, ratti. Generalmente è più pericolosa per le cavie che per i conigli.
Staphylococcus aureus provoca l'infezione della mucosa del tratto respiratorio. Le tossine che produce possono causare setticemia. Lo stesso batterio può comparire anche in casi di pododermatiti ulcerative, congiuntiviti, mastiti, ascessi. É fondamentale una terapia antibiotica.
Treponema cuniculi è responsabile della Spirochetosi venera, una malattia trasmissibile sessualmente affine alla sifilide umana, molto rara nei conigli di casa. Si presenta con macchie e lesioni attorno alla zona genitale, bocca e naso.
Clostridium spiliforme provoca gravi enterotossemie, mentre Clostridium piliforme è l'agente del Morbo di Tyzzer.
Escherichia coli provoca pericolose enteriti, spesso associate a coccidiosi, che si rivelano con diaree e perdite di peso.