I conigli, a differenza di molti altri mammiferi, non hanno i reni multipapillati. Presentano invece una sola papilla che accoglie direttamente l'uretra.
Nei conigli l'assorbimento del Calcio attraverso le pareti dell'intestino non dipende direttamente dalla vitamina D come negli altri animali. Il Calcio viene assorbito per osmosi ed i reni sono l'unica struttura in grado di gestirne l'equilibrio nell'organismo regolandole l'escrezione con le urine. Le urine risultano quindi alcaline [pH 8] e, nei conigli sani, piuttosto torbide per la presenza di carbonato di calcio. Più calcio viene assunto dalla dieta più i reni ne devono eliminare con le urine. Quindi le urine dei conigli contengono molti più cristalli e sedimenti rispetto alle urine degli altri animali.
Gli altri animali eliminano con l'urina meno del 2% del calcio. I conigli ne eliminano fino al 60%
Isolate alterazione dell'aspetto delle urine non sono da considerarsi allarmanti ma se il coniglio producesse abitualmente urine troppo limpide, nonostante la presenza di calcio nella dieta, potrebbe significare che i suoi reni non funzionano come dovrebbero.
Al contrario, un eccesso di calcio nelle urine può addensarsi in una densa fanghiglia [sludge] che può irritare l'uretra.
Urine rosse. Il colore delle urine dipende molto dall'alimentazione. Un intenso color ambrato o rossastro può dipendere da pigmenti contenuti in certe verdure come il carotene o la porfirina. Anche antibiotici come l'Enrofloxacin (Baytril) tendono tipicamente a colorare l'urina di rosso.
Ematuria. Urine che contengono sangue si distinguono invece per la presenza di striature rossastre piuttosto evidenti. Ad un esame visivo più attendo è possibile distinguere i singoli globuli rossi. Il sangue nelle urine può avere origine a livello del tratto urinario o di quello riproduttivo. Le cause possono essere molteplici: adenocarcinoma, polipi, calcoli, blocco renale, nefriti... Occorre dunque un esame approfondito, prima possibile.
Vi sarà capitato di notare che le urine del vostro coniglio cambiano colore in pochissimo tempo, in genere scuriscono molto a contatto con l'aria. Le urine dei conigli sono infatti molto instabili, si ossidano molto rapidamente per cui un eventuale esame è tanto più preciso e attendibile quanto più è vicino al momento del prelievo.
Nei primi tre mesi di vita, quando i testicoli dei maschi non sono ancora scesi nel sacchetto scrotale, può essere molto difficile riconoscere il sesso. Nei maschi, esercitando una giusta pressione, è possibile estrudere il pene. Tuttavia, nella femmina, la vulva può assomigliare ad un piccolo pene: si distinguono dall'orifizio che nel maschio è circolare e nella femmina più allungato, a fessura.
Non esiste un vero e proprio corpo uterino, ma due corna separate, ognuna con la sua cervice, che si aprono direttamete nella vagina. Ogni corno riceve i dotti di un ovario.
La fisiologia dell'apparato riproduttivo femminile è trattata nel capitolo dedicato alla riproduzione.
Nei maschi, i sacchi scrotali, glabri, sono in posizione craniale rispetto al pene. I testicoli scendono di solito entro il terzo mese di vita ed il coniglio è subito sessualmente attivo. Il riflesso eiaculatorio si attiva immediatamente dopo la penetrazione ed il coniglio è in grado di riaccoppiarso già 2 o 3 minuti dopo.